La "Guardia de Hierro" rumana, [glossary_exclude]aliada[/glossary_exclude] de los nazis, provoca un pogromo contra los judíos de Iasi. Unos 4,000 judíos son asesinados. A otros muchos los detienen y embarcan en trenes de carga para deportarlos. Miles mueren por asfixia o deshidratación durante el viaje.
Heinrich Himmler, el líder de las SS, ordena la ampliación del campo de concentración de Auschwitz para dar cabida al gran influjo de prisioneros (alrededor de 130,000) que suministrarán mano de obra forzada a las fábricas alemanas de la zona. Finalmente, Auschwitz se convierte en un complejo enorme de más de 40 subcampos que incluye el mayor centro de exterminio nazi establecido en Auschwitz-Birkenau en septiembre de 1941.
Moviéndose detrás de las líneas militares alemanas, los Einsatzgruppen o "equipos móviles de matanza" formados por unidades militares y policiales nazis bajo el mando de Reinhard Heydrich llevan a cabo masacres sistemáticas de judíos a medida que los nazis avanzan hacia el este, con la intención de aniquilar a la población judía de la Unión Soviética. Entre un millón y medio y dos millones de judíos mueren asesinados a tiros en lo que se conoce como el "Holocausto por balas". Entre las muchas atrocidades masivas cometidas por los Einsatzgruppen en 1941 se cuentan unos 10,000 judíos asesinados cerca de Vilna en julio y más de 160,000 judíos masacrados en Rumania en julio y agosto con la ayuda de las tropas rumanas. En septiembre, aproximadamente 34,000 judíos mueren masacrados en Babi Yar en Kiev y 27,000 en Zhitomir; en octubre, asesinan a 48,000 judíos cerca de Odesa y 25,000 judíos son asesinados en Riga en noviembre y diciembre.
El gueto judío en la ciudad polaca de Lublin pasa a estar sellado y aísla a más de 34,000 judíos del mundo exterior.
Como consecuencia de la invasión y ocupación alemana de Yugoslavia y Grecia, cientos de miles de judíos pasan a estar bajo el dominio nazi.